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医療法人には、社団医療法人と財団医療法人の２種類があります。また、社団医療法人は平成19年4月1日に施行された第5次改正医療法により制度が大きく変更されました。

従来は、常勤の医師または歯科医師が3人以上勤務する医療機関でなければ法人化ができませんでしたが、昭和60年の医療法改正によって医師または歯科医師が1人または2人以上であっても法人化が認められるようになりました。このような医療法人は一般的には「一人医師医療法人」と呼ばれます。
一人医師医療法人制度は、主に診療所の医療法人化を促すための制度です。診療所の医療法人化を認めることで、医業経営と家計を明確に分離し、医療法人の設備や機能の充実を図るとともに、経営基盤を安定させることによって、診療所経営の近代化や合理化を図ることを目的としています。

社団医療法人は、金銭その他の資産の出資または拠出により設立された医療法人を指します。設立時期に応じて、以下の2種類に区別されます。

1. 平成19年3月31日以前に設立された医療法人

平成19年3月31日以前に設立された社団医療法人は、出資持分につき、定款に定めのある社団（持分の定めのある社団）と定款に定めのない社団（持分の定めのない社団）に区別されます。
持分の定めのある社団の場合は、原則として出資者は法人への出資割合に応じて医療法人の持分を有します。退社・解散時には、原則として、その持分に応じて払い戻しや分配を受けることができます。

2. 平成19年4月1日に設立された医療法人

平成19年4月1日以後に設立された社団医療法人は、金銭その他の資産の拠出によって設立されます。出資ではなく、拠出になりますので、出資持分の概念はなく、解散時の残余財産は、国や地方公共団体等に帰属することになります。このような医療法人を「拠出型医療法人」といい、基金制度を採用した医療法人を「基金拠出型医療法人」といいます。

医療法人を設立することにより、主に以下のようなメリットが考えられます。

1. 法人税の適用による節税効果

個人に課される所得税（最高40％）と法人に課される法人税（年800万円までは15％、年800万円以上は25.5％）との税率差を利用します。院長自身も医療法人から役員報酬（給与所得）をもらう立場に変更になるため、これまで高い税率で課税されていた院長個人の所得の一部が、医療法人の所得に変わります。法人の所得には法人税が課税されますので、個人所得税との税率差分の節税効果が見込まれます。
※平成27年3月までは復興特別法人税（法人税×10％）が課せられます。

2. 給与所得控除の利用による所得税の軽減

医療法人化に伴い、院長自身も給与所得者となりますので、一般のサラリーマンと同様、給与所得控除（みなし経費）が可能となります。給与所得控除を利用することにより、院長個人の課税所得が圧縮され、所得税の節税に繋がります。

3. 退職慰労金の支給が可能

個人で経営を行っている場合は、経営主体は院長自身であることから、勇退時に院長から退職慰労金を支給するという概念はありません。医療法人化によって、院長や院長夫人の勇退時には医療法人から退職慰労金の支給を受けることが可能になります。退職慰労金は老後の生活資金などの利用することができます。また、万が一の死亡時においても、医療法人から死亡退職慰労金が支給されます。
また、院長以外の役員にも退職慰労金を支給することが可能で、支給された退職慰労金は適正額までは医療法人の損金の額に算入することができます。

4. 生命保険の活用が可能

個人で経営を行っている場合は、契約している生命保険の保険料について所得控除（生命保険料控除）が認められています。しかしながら、控除額は最高で5万円までしか認められていません。
医療法人では、医療法人を契約者、役員を被保険者、保険金受取人を医療法人にすることで、保険料の一部または全額を損金の額に算入することができるため、退職慰労金の原資としても生命保険が活用できます。

5. 欠損金の繰越が9年間可能

法人税では、欠損金の翌期以降の繰越が9年間可能です。個人事業では青色申告を行っている場合のみ3年間の繰越が可能となります。繰り越された欠損金は、翌期以降の所得金額と通算することが可能となるため、翌期以降の法人税の負担の軽減が図れます。

医療法人を設立することにより、主に以下のようなデメリットが考えられます。

1. 社会保険料等の負担が発生する。

個人事業においては、従業員が5人未満である場合は、社会保険の強制加入の対象外であるため、健康保険や厚生年金等の社会保険に加入する必要はありませんが、医療法人化後は従業員の人数にかかわらず、社会保険への加入が必要となります。そのため、医療法人化に伴い、従業員の社会保険料にかかる事業主分の負担が増加することになります。
尚、健康保険については、個人事業から医療法人になる場合でも、個人時代に医師国保に加入している場合は、医療法人化後も引き続き、医師国保に加入し続けることが可能です。

2. 接待交際費の一部が損金不算入

個人事業の場合は、事業遂行上、必要と認められる接待交際費は、金額の制限なく必要経費に算入されますが、医療法人の場合には交際費等の損金不算入の規定により、一定額（資本金が1億円未満の法人は、年600万円までのうち10％）が損金の額に算入されません。しかし、平成25年度税制改正により、資本金1億円未満の法人については、年800万円以下の接待交際費は全額が損金の額に算入することができるようになります。そのため、今後このデメリットは減少すると考えられます。

3. 小規模企業共済の継続が不可能

個人事業を行っている際に加入していた小規模企業共済は、医療法人化後には継続加入できなくなります。そのため、医療法人化に伴い、小規模企業共済からは脱退することになります。ただし、過去に支払った掛金についての受給権は残ります。

4. 都道府県知事等への決算報告や社員総会等の開催手続きが増加

医療法人は、決算期毎に決算の承認のための社員総会や予算策定のための社員総会を開催しなければいけません。また、決算日後3か月以内に、事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書、監事の監査報告書を都道府県知事（または厚生局長）に提出しなければいけません。